W 1499 r. wzmiankowany był Ancuta z Bockow. Na początku XVI wieku istniały dwie osady o nazwie Boćki, leżące po obu stronach rzeki Nurzec. Część po lewej stronie (Zarzecze) należała - z nadania króla polskiego (1501-1506) Aleksandra Jagiellończyka (1461-1506) - do ziemianina mielnickiego Stanisława Montewicza i Iwaszki Hlebowicza. Część prawobrzeżną w dniu 17 września 1509 roku nadał król Zygmunt I Stary Iwanowi (Iwaszce) Semenowiczowi Sapieże (zm. pomiędzy 13 a 21 maja 1517), sekretarzowi Wielkiego Księstwa Litewskiego (1488) i marszałkowi hospodarskiemu (1504-1517), pierwszemu wojewodzie podlaskiemu (1513-1517). W akcie nadania król zezwolił na osadzenie nad Nurcem miasteczka na prawie magdeburskim, co oznaczało, że Boćki otrzymały wówczas prawa miejskie. W 1512 roku Stanisław Montewicz oraz Iwaszko Hlebowicz - na zasadzie zamiany za wieś Brzeźnica - oddali swoją część Sapieże, który połączył obie osady w jedną.
Wspomniany Jan (Iwaszko) Semenowicz Sapieha, który był konwertytą z prawosławia, w dniu 30 kwietnia 1513 roku ufundował pierwszy, drewniany kościół pw. Ducha Świętego, Wniebowzięcia NMP, św. Jana Chrzciciela, św. Katarzyny Dziewicy i Męczennicy, św. Józefa Oblubieńca NMP i św. Antoniego Padewskiego, nadając mu dziesięcinę snopową z folwarków w Andryjankach, Knorydach i Dubnie oraz inne przywileje. Pracę duszpasterską powierzono wówczas ks. Aleksemu. W 1517 roku funkcję proboszcza pełnił już ks. Bartłomiej Mężeński (1517-1526), a wikariusza ks. Jakub z Moczydeł. Plebanem boćkowskim w latach 1528-1550 był ks. Mikołaj Paczkowski, w latach 1550-1554 ks. Andrzej Gromadzki, a w latach 1554-1572 ks. Marcin Owieczkowski, absolwent Akademii Krakowskiej (1554). W czasie wojen szwedzkich na przełomie 1659 i 1660 roku Boćki i kościół zostały doszczętnie zniszczone przez wojska moskiewskie księcia Iwana A. Chowańskiego „Tararuja” (zm. 17 września 1682), wojewody tulskiego (1650-1656), mohylewskiego (1656-1666).
W 1703 roku na miejscu poprzedniego kościoła zbudowano kolejny, drewniany, dzięki staraniom ks. Kazimierza Sturzymowskiego, proboszcza boćkowskiego (1698-1722). Jego konsekracji dokonał w 1726 r. ks. Stefan Rupniewski (1671-1731), biskup łucki (1721-1731). Kościół ten w 1828 roku został zamknięty, gdyż groził zawaleniem, a potem całkowicie rozebrany (1850). Na jego miejscu stoi do dziś w parku żelazny krzyż, ufundowany przez parafian w 1916 roku.
W tej sytuacji nabożeństwa parafialne zaczęto sprawować w murowanym kościele klasztornym ojców reformatów pw. św. Józefa Oblubieńca NMP i św. Antoniego Padewskiego, który znajdował się przy wylocie gościńca bielskiego z miasta. Ufundowali go Józef Franciszek Sapieha (1670-1744), podskarbi nadworny litewski (1706-1709; 1713-1744) i jego żona (od 1709) Krystyna z Branickich (ok. 1688-1761), wraz z córką Teresą (1723-1777). Okazją ku temu stała się cenna relikwia Ciernia z Korony Chrystusowej, która miała być przechowywana w tej świątyni. Razem z nią został wzniesiony klasztor Zakonu Braci Mniejszych św. Franciszka - reformatów. Zgodę na nową fundację wyraziła kapituła Prowincji Wielkopolskiej pw. św. Antoniego Padewskiego, która odbyła się w Łąkach Bratiańskich w dniu 26 sierpnia 1725 roku. W dniu 5 czerwca 1726 roku rozpoczęto budowę kościoła oraz klasztoru o dwóch kondygnacjach i trzech skrzydłach otaczających świątynię, według projektu brata zakonnego Mateusza Osieckiego (zm. 29 lipca 1741). W dniu 19 lipca 1730 roku poświęcono kamień węgielny. Budowę kościoła zakończono 28 września 1739 roku. Jego konsekracji dokonał w XV niedzielę po Zielonych Świątkach, czyli 7 września 1744 roku ks. Stanisław Rajmund Jezierski (1698-1782), biskup bakowski (1737-1782) z Mołdawii.
Z polecenia wdowy Krystyny z Branickich Sapiehy obok kościoła zbudowano w latach 1744-1746 murowaną dzwonnicę - wieżę zegarową, według projektu pułkownika Jana Henryka Klemma, architekta Jana Klemensa Branickiego z Białegostoku (1689-1771). Kolejnymi kolatorami boćkowskiej parafii były rody: Branickich i Potockich (1752).
Po Powstaniu Listopadowym we wrześniu 1832 roku rząd carski usunął zakonników do Różanegostoku i skonfiskował beneficjum. W 1902 roku klasztor przejęli prawosławni, którzy po czterech latach w 1906 roku zwrócili katolikom pomieszczenia klasztorne na górze i dole. W 1912 roku prawosławni rozebrali klasztor, a cegłę przekazali na budowę cerkwi w Andryjankach. Duże szkody wyrządzili żołnierze w dniu 30 lipca 1944 roku, niszcząc dach i wiele paramentów liturgicznych. Po ustaniu działań wojennych restaurację kościoła rozpoczął ks. kan. Jan Warpechowski (1879-1946), ówczesny proboszcz boćkowski (1909-1946).
Uwzględniając wielowiekowy kult ku czci św. Antoniego Padewskiego, ks. bp Antoni Dydycz w dniu 17 stycznia 2000 r. podniósł boćkowską świątynię do godności Sanktuarium św. Antoniego Padewskiego.
Obok kościoła znajduje się nowa, murowana plebania, której budowę rozpoczął w 1976 roku ks. Michał Sokołowski (1910-1980), ówczesny proboszcz (1946-1980), a zakończył w 1982 roku kolejny proboszcz (1980-1988) ks. Tadeusz Biały (1926-1988). Na placu kościelnym stoi również budynek parafialny odrestaurowany w latach 1966-1967, staraniem wspomnianego ks. Michała Sokołowskiego.
Naprzeciwko kościoła po drugiej stronie drogi stoi stara, drewniana plebania, wzniesiona w 1913 roku przez ks. kan. Jana Warpechowskiego (1879-1946), proboszcza boćkowskiego (1909-1946).
Kaplica
Krasnowieś - kaplica pw. Matki Bożej Nieustającej Pomocy, zbudowana została w latach 1983-1984, staraniem wspomnianego ks. Tadeusza Białego. Jej poświęcenia w dniu 27 czerwca 2000 r. dokonał ks. Antoni P. Dydycz, biskup drohiczyński.
Oprac. ks. dr Zbigniew Rostkowski
